בימי הביניים ובתקופת העת החדשה, האמונה בכישוף הייתה נפוצה ומקובלת באירופה. כישוף נתפס כאיום קיומי על הנצרות ועל הסדר החברתי, ולכן נרדפו והוצאו להורג אלפי נשים וגברים שהואשמו בעיסוק בכישוף.
הוגי דעות כמו האינקוויזיטור היינריך קרמר (Heinrich Kramer) והתיאולוג יקוב שפרנגר (Jacob Sprenger) חיברו את "פטיש המכשפות" (Malleus Maleficarum) המתאר בפרוטרוט כיצד פועלים המכשפים והמכשפות, וכן את המפגש החשאי המתקיים עם השטן ב"שבת מכשפות", את דרכי חקירת המכשפים/ות ואת החובה לרדוף את העוסקים בכישוף.
הרדיפות התנהלו על ידי רשויות כנסייתיות ומלכותיות, והכישוף נתפס כרדיפה מהאל. החקירה לוותה בעינויים ובשיטות "מוזרות" לגילוי ה"אמת". מי שנמצא אשם הועלה על המוקד או נתלה.
במרכזי רדיפת הכישוף היו אזורים כמו גרמניה, צרפת ואנגליה. במהלך התקופות הללו, עשרות אלפי נשים וגברים שנחשדו בכישוף נרדפו, עונו והוצאו להורג. מקרב הקורבנות מצויים קבצניות, רופאות מקומיות, נשים בודדות, אך גם גברים מכל השכבות.
תקופה אפלה זו בהיסטוריה מדגימה את עוצמתן של תפיסות טפלות ורדיפות עיוורות. רק בתקופה המודרנית חלה התרחקות מאמונות טפלות אלה.
